1990年，原南聯(lián)邦六個(gè)共和國(guó)舉行大選。除塞爾維亞、黑山共和國(guó)仍由原執(zhí)政黨（由原共盟改稱的社會(huì)黨）執(zhí)政外，斯洛文尼亞和克羅地亞等四國(guó)共盟均喪失政權(quán)，政局動(dòng)蕩導(dǎo)致民族主義勢(shì)力抬頭，使原來(lái)就存在的民族矛盾空前尖銳，內(nèi)戰(zhàn)危機(jī)日益加深。

　　大選結(jié)束后，斯洛文尼亞新政權(quán)即宣布：駐扎斯境的原南聯(lián)邦防御部隊(duì)不再服從聯(lián)邦軍統(tǒng)一指揮，并加緊從外國(guó)運(yùn)進(jìn)武器，武裝本地民防和警察部隊(duì)。克羅地亞也隨后宣布：將在南聯(lián)邦駐克地方部隊(duì)基礎(chǔ)上組建克“獨(dú)立的武裝力量”。接著，塞爾維亞科索沃自治省阿爾巴尼亞族也按“一戶一槍”原則，用走私武器組織民間武裝10萬(wàn)人。與此同時(shí)，居住在克境內(nèi)的塞族人也武裝起來(lái)。

　　鑒于局勢(shì)危急，南聯(lián)邦主席團(tuán)于1991年1月發(fā)布命令，要求各地“非法準(zhǔn)軍事武裝部隊(duì)”立即解散并交出武器。但該命令被斯、克兩族武裝拒絕。南聯(lián)邦軍隨即進(jìn)入戒備狀態(tài)，準(zhǔn)備以武力執(zhí)行聯(lián)邦決定。斯、克兩族則外鋒相對(duì)，積極備戰(zhàn)，全國(guó)局勢(shì)驟然緊張。在內(nèi)戰(zhàn)一觸即發(fā)的危急時(shí)刻，經(jīng)聯(lián)邦總理馬爾科維奇（克族）多方斡旋，迫在眉睫的大規(guī)模流血沖突得以暫時(shí)避免，但“非法武裝”問題仍未解決。

　　1991年1月，克當(dāng)局突然收繳克境內(nèi)塞族警察武器，遭塞族人拒絕，雙方發(fā)生流血沖突。克境內(nèi)居住約60萬(wàn)塞族居民，占克全部人口12％，聚居地約占克全境1／4。在克新政權(quán)一再聲稱要退出南聯(lián)邦“獨(dú)立”的背景下，克境塞族擔(dān)心二戰(zhàn)時(shí)期克族極端組織殘殺塞族人的暴行重演，遂宣布成立“克拉伊納塞爾維亞自治區(qū)”，脫離克羅地亞，成為塞爾維亞和南聯(lián)邦的組成部分。此舉得到塞爾維亞支持，但克羅地亞堅(jiān)決反對(duì)。隨后，雙方武裝為爭(zhēng)奪對(duì)兩族混居區(qū)的控制權(quán)爆發(fā)大規(guī)模武裝沖突，沖突逐步升級(jí)。為制止沖突，南聯(lián)邦軍（主要將領(lǐng)及大部分士兵為塞族）奉命進(jìn)行干預(yù)。

　　6月25日，克羅地亞和斯洛文尼亞宣布獨(dú)立。南聯(lián)邦主席團(tuán)立即做出反應(yīng)，宣布斯、克兩國(guó)“獨(dú)立”為非法和無(wú)效。同時(shí)命令駐扎在斯、克兩國(guó)境內(nèi)軍營(yíng)中的聯(lián)邦軍，執(zhí)行保衛(wèi)邊界過境通道和居民點(diǎn)安全的軍事行動(dòng)。斯、克兩國(guó)武裝對(duì)聯(lián)邦軍兵營(yíng)實(shí)行封鎖、阻礙，襲擊執(zhí)行任務(wù)的聯(lián)邦軍。6月27日，南聯(lián)邦軍出動(dòng)2000名士兵，110輛坦克執(zhí)行聯(lián)邦政府命令，遭到斯警察部隊(duì)和武裝人員強(qiáng)烈抵抗，斯方武裝用導(dǎo)彈擊落南聯(lián)邦軍直升飛機(jī)和15輛坦克，造成100多人傷亡。7月2日，當(dāng)聯(lián)邦軍根據(jù)雙方達(dá)成的協(xié)議，將部隊(duì)撤回營(yíng)區(qū)時(shí)，斯方武裝又企圖扣押聯(lián)邦軍坦克、裝甲車等重裝備，雙方再次發(fā)生武裝沖突，聯(lián)邦軍動(dòng)用空軍轟炸機(jī)為部隊(duì)解圍。后來(lái)，在聯(lián)邦主席團(tuán)和國(guó)際有關(guān)各方調(diào)解下，斯同意解除對(duì)聯(lián)邦軍營(yíng)封鎖，聯(lián)邦軍全部撤出斯境。

　　由于以塞族人為主的聯(lián)邦軍逐步卷入克、塞兩族武裝沖突，克指責(zé)聯(lián)邦軍偏袒塞族武裝。在克族武裝多次襲擊聯(lián)邦軍后，聯(lián)邦軍開始直接與克族武裝交火。聯(lián)邦軍介入南內(nèi)戰(zhàn)，使原在聯(lián)邦軍中服役的一萬(wàn)多名克族士兵和軍官“投誠(chéng)”，轉(zhuǎn)入克武裝。為與聯(lián)邦軍和塞族武裝抗衡，克當(dāng)局從西方國(guó)家大量進(jìn)口武器和招募雇傭軍，在原來(lái)不足5萬(wàn)人的警察和民防部隊(duì)基礎(chǔ)上，建成了一支擁有20萬(wàn)人，配有坦克、裝甲車、多管火箭炮、導(dǎo)彈和飛機(jī)的正規(guī)軍隊(duì)。

　　以塞爾維亞族為主的南聯(lián)邦最初堅(jiān)決反對(duì)改變現(xiàn)行的聯(lián)邦制，但隨著克、斯兩國(guó)“獨(dú)立”的既成事實(shí)，以及周邊國(guó)家和國(guó)際組織態(tài)度的改變，南聯(lián)邦中塞族領(lǐng)導(dǎo)的立場(chǎng)已有所變化，但仍堅(jiān)持“所有塞爾維亞人有權(quán)生活在一個(gè)塞爾維亞國(guó)度里”的大塞爾維亞主義。強(qiáng)調(diào)克雖可獨(dú)立，但不得把克境內(nèi)60萬(wàn)塞族人和他們的聚居地帶走。為支援塞族武裝保衛(wèi)克境內(nèi)塞族居住區(qū)，聯(lián)邦軍漸由過去提供武器、人員支持發(fā)展為介入交戰(zhàn)。從7月份開始，由于聯(lián)邦軍公開參戰(zhàn)，克、塞兩國(guó)接壤全線和部分兩族混居區(qū)爆發(fā)激烈戰(zhàn)斗。為封鎖克海上交通，切斷其武器進(jìn)口，聯(lián)邦海軍出動(dòng)軍艦封鎖克海岸，炮轟克港口城市杜布羅夫尼克。在克、塞中部接壤的奧庫(kù)查尼和帕克拉茨及亞得里亞海沿岸地區(qū)雙雙均發(fā)生大規(guī)模武裝沖突。9與10兩月，為爭(zhēng)奪武科瓦爾，聯(lián)邦軍和塞族武裝投入大量兵力，對(duì)固守該地的克族武裝實(shí)施圍攻，經(jīng)聯(lián)合國(guó)和有關(guān)各方調(diào)解達(dá)成的多次停火協(xié)議均遭破壞。

　　11月7日，在近三個(gè)月圍攻后，聯(lián)邦軍攻占戰(zhàn)略重鎮(zhèn)武科瓦爾，使克、塞東部邊界的數(shù)個(gè)塞族聚居點(diǎn)連成一片。11月22日，聯(lián)邦軍開始圍攻克東部克塞兩族共居的奧西耶克鎮(zhèn)。在克沿海地區(qū)，雙方武裝沖突規(guī)模也在升級(jí)，塞族武裝如果控制了該地區(qū)，就可截?cái)鄼M貫克境主要公路，腰斬克瀕海地區(qū)，為塞爭(zhēng)得一個(gè)重要出海口。

　　經(jīng)過近一年軍事較量，戰(zhàn)場(chǎng)總的局勢(shì)對(duì)克不利。塞族武裝在聯(lián)邦軍支持下，已經(jīng)控制克境1／3的國(guó)土面積。由于戰(zhàn)爭(zhēng)主要在克境進(jìn)行，克族生命財(cái)產(chǎn)損失慘重，被迫在國(guó)際調(diào)停下停火。

　　就基本軍事力量對(duì)比看，盡管克接受大量西方軍援，塞族武裝和南聯(lián)邦軍在兵員數(shù)量、裝備、訓(xùn)練和作戰(zhàn)能力方面仍優(yōu)于克方。但由于受一些共和國(guó)抵制，聯(lián)邦軍在兵員、油料和武器供應(yīng)方面亦存在許多困難，加上國(guó)內(nèi)外各種政治勢(shì)力的壓力，聯(lián)邦軍行動(dòng)受到很大牽制。1991年底，南聯(lián)邦軍一改以往堅(jiān)決拒絕國(guó)際武裝介入的立場(chǎng)，主動(dòng)要求聯(lián)合國(guó)派遣“維持和平部隊(duì)”進(jìn)駐雙方實(shí)際控制線之間監(jiān)督�；�。

　　進(jìn)入1992年以來(lái)，塞族武裝在基本達(dá)到作戰(zhàn)目的（不但保住了克境內(nèi)塞族聚居地區(qū)，面積還有所擴(kuò)大）后，呈守勢(shì)鞏固既得陣地。克族在損兵失地之后，短時(shí)間內(nèi)無(wú)力發(fā)動(dòng)大規(guī)模反攻。三月份以來(lái)，波黑局勢(shì)進(jìn)一步惡化。南聯(lián)邦軍與得到克羅地亞支持的波黑穆斯林武裝為爭(zhēng)奪對(duì)首府薩拉熱窩的控制權(quán)展開激戰(zhàn)。英美宣布對(duì)南實(shí)行“制裁”并投入空中力量向薩市運(yùn)送人道主義援助�？梢灶A(yù)料，由于南各族在歷史、現(xiàn)實(shí)政治和意識(shí)形態(tài)等方面的差異，南內(nèi)戰(zhàn)在短時(shí)期內(nèi)不會(huì)徹底解決。目前，各派時(shí)打時(shí)停，加緊增兵備戰(zhàn)，以便在有利時(shí)機(jī)打擊對(duì)方，或在未來(lái)的政治談判中居于主動(dòng)地位。

　　南內(nèi)戰(zhàn)沖突至1993年，已造成3.5萬(wàn)人死亡，直接經(jīng)濟(jì)損失200億美元，形成300萬(wàn)難民，引起了世界輿論的廣泛關(guān)注。