洪武二十一年（1388年）三月，藍玉率師15萬北征，自大寧進至慶州。藍玉聽說元帝脫古思帖木兒在捕魚兒海（今貝加爾湖），便抄近路，兼程而進。行至百眼井處，距捕魚兒海還有四十里，仍然沒有發(fā)現(xiàn)元軍行跡，藍玉便想引兵退還。部將王弼不同意，說："我們領(lǐng)兵，深入漠北，未見到敵人就回師，如何向上交待。"藍玉贊成王弼的意見，命諸軍繼續(xù)前進，并采用王弼計謀，穴地而炊，這樣敵人便看不見煙火，軍隊能夠不被發(fā)現(xiàn)行蹤，秘密前進。后偵知元帝營在捕魚兒海東北八十里處。藍玉命王弼為前鋒，迅速出擊，直奔元帝大營。

　　而元帝脫古思帖木兒以為明軍與納哈出作戰(zhàn)不久，糧草匱乏，不會深入北方再戰(zhàn)，大意輕敵，沒有作任何迎敵的準備。湊巧的是，明軍前鋒奔襲北元汗帳的大營之時，恰好風(fēng)沙彌天，幾十步外不見人。明朝兵馬出現(xiàn)在汗帳外時，才為北元軍所驚覺。此時，脫古思帖木兒根本不能作有效的抵抗。北元太尉蠻子倉促上陣，很快戰(zhàn)敗被殺。脫古思帖木兒得以脫身，帶著太子天保奴、知院捏怯來、丞相失烈門等數(shù)十人逃往哈拉和林方向。藍玉率精騎追趕，但沒有趕上。

　　這一次戰(zhàn)役，脫古思帖木兒的次子地保奴、嬪妃公主一百二十三人、官員三千余、人口七萬七千多、馬駝牛羊十五萬多頭，以及大量印章、圖書、兵器、車輛，都被明軍俘獲。

　　蒙古帝國脫古思帖木兒一行在逃亡途中遇到北元部將也速迭兒。也速迭兒為阿里布哥后裔，阿里布哥是成吉思汗第四子拖雷之幼子，為元世祖忽必烈之弟。蒙哥在位時，駐守哈拉和林。蒙哥死后，蒙古貴族推舉阿里布哥為大汗。忽必烈正在前線，聞訊趕回，自行在開平即位。兄弟二人打了四年，以阿里布哥的失敗而告終，忽必烈最終從阿里布哥手中奪取了大汗的位子。也速迭兒一直不滿帝位在忽必烈一系，見元帝脫古思帖木兒落敗，趁機襲擊，脫古思帖木兒和太子天保奴被殺死。知院捏怯來、丞相失烈門逃走，走投無路之下，只得重新南下，投降了明朝。之后，北元內(nèi)訌不斷，開始四分五裂，"部帥紛挈，五傳至坤帖木兒，咸被弒，不復(fù)知帝號"。

　　捕魚兒海戰(zhàn)役是北元政權(quán)遭受的最大挫折。蒙古帝國之元朝雖然離開了中原，但在漠北一直保持有完整的官僚體系。經(jīng)此一役，北元的職官體系基本被摧毀。如果說在這之前，蒙古貴族心中或許還有著重振旗鼓、重新入主中原的希望，那么捕魚兒海戰(zhàn)役后，希望就徹徹底底地破滅了。從此，逐鹿中原只能成為他們可望而不可及的美夢。

　　還有對北元政權(quán)更為致命的打擊。捕魚兒海戰(zhàn)役之后，黃金家族喪失了在蒙古部落中至高無上的地位，大多數(shù)蒙古部落不再承認黃金家族的宗主權(quán)，宣布自立。為了爭奪新的宗主權(quán)，蒙古部落內(nèi)部因而陷入了連綿不斷的內(nèi)訌之中，再也無力南下反擊明朝。其間，雖然蒙古有過幾次統(tǒng)一，但始終未能對明朝構(gòu)成傾覆性的威脅。

　　誰能想得到呢，距離元順帝逃離中原六十年后，非黃金家族出身的蒙古瓦剌部首領(lǐng)也先竟然在中原的土地上擒獲了大明朝的明英宗皇帝。即便是明朝大獲全勝的時候，也沒有活捉過任何一位北元皇帝或蒙古部落大汗。這，不能不說是歷史極大的諷刺。