大街小巷聽到的是一片議論之聲。人們普遍認為《基督教原理》在傳播教義方面甚至要比馬丁·路德的九十五條論綱還透徹。尤其是其中關(guān)于人的等級之分，人們潔身自律的要求太對教徒們的胃口了。同一年里（１５３６），加爾文的足跡延伸到了當(dāng)時瑞士宗教改革的中心日內(nèi)瓦。當(dāng)時的日內(nèi)瓦宗教改革運動已進行得如火如荼：廢除彌撒、拜圣像、售贖罪券；改進禮拜儀式，改進教會組織，然而當(dāng)?shù)靥熘鹘痰膭萘σ廊粡姶�，封建貴族們當(dāng)時不甘心放棄手中的神權(quán)，他們不顧歷史的潮流，妄想蝗臂擋車，所以在當(dāng)時，新舊兩教進行答辯是件司空見慣的事。新教的另一個教派再洗禮派力量比較強大，主張也要比加爾文教激進得多。

　　他們不斷組織平民起事，破壞天主教堂，拆毀修道院，這一切過激的行動嚇壞了當(dāng)局，為了不鬧出大亂子，當(dāng)局先是禁止辯論會的召開，接著開始迫害再洗禮派，平民運動遭到了嚴(yán)酷的鎮(zhèn)壓。“城門失火，殃及池魚”，加爾文教派也受到了不同程度的迫害。加爾文不得不再一次惶惶而逃。時光斗轉(zhuǎn)星移，政局變幻無常。宗教改革的主張畢竟屬于進步的呼聲，歷史的大潮洶涌而來，無人可擋。

　　宗教改革派在日內(nèi)瓦終于掌握大權(quán)，立穩(wěn)了腳跟，這時他們開始想念加爾文，因為這些新教徒們迫切需要加爾文的宗教理論，需要一個加爾文式能領(lǐng)導(dǎo)群眾的人物。日內(nèi)瓦市政當(dāng)局于１５４１年向流落在外的加爾文發(fā)出了正式邀請。多年飄泊不定顛沛流離的生活，沒有使加爾文放棄自己的理論主張，他要進行更大規(guī)模宗教改革的信心日益堅定。一接到日內(nèi)瓦當(dāng)局的邀請函，加爾文便踏上了重回日內(nèi)瓦的歸程。

　　一路上，他在心中盤算了不下千次的是怎樣進一步把宗教改革推向深入？經(jīng)過深思熟慮之后，一個宏偉的改革計劃在他的心中逐漸完善、清晰起來了。一回到日內(nèi)瓦，加爾文便開始了自己的改革。首先，把教會從羅馬教皇的麾下解脫出來，不再受制于羅馬教皇，也不再受制于諸侯。教職是選舉產(chǎn)生的。信奉加爾文教的組織，完全實行政教合一的體制，成為同盟軍，由高級宗教會議統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)。以此為基礎(chǔ)，日內(nèi)瓦發(fā)生了根本性的轉(zhuǎn)變，成了一個政教合一的神權(quán)共和國。國家法律和宗教紀(jì)律，成為約束人們行為的兩條準(zhǔn)繩。

　　時至今日，加爾文已成了日內(nèi)瓦城高高在上的主宰。不論是城內(nèi)的教會，還是行政當(dāng)局都要拜伏在他的法杖之下。日內(nèi)瓦已成為新教的羅馬，加爾文自然順理成章地成了“日內(nèi)瓦的教皇”。一朝權(quán)在手，眼中的世界都改變了顏色。加爾文開始變了。他變得自私、殘暴、唯我獨尊。新教中的其他派別統(tǒng)統(tǒng)被他指斥為“異端”，其境況不比天主教好多少。想當(dāng)年略占上風(fēng)的再洗禮派此時成了加爾文的眼中釘，不知出于一種什么樣的陰暗心理，他下令將這一派的信徒全部驅(qū)逐出境，否則格殺勿論。

　　加爾文自負、狹隘的本性，在另外一件當(dāng)時影響很大的事情當(dāng)中也可略窺見一斑。１５５３年西班牙極負盛名的科學(xué)家凱爾·塞爾維特（人體血液循環(huán)的發(fā)現(xiàn)者之一）來到日內(nèi)瓦。塞爾維特作夢也沒想到日內(nèi)瓦會成為自己生命的終點。也許他已忘記了自己當(dāng)年曾批評過加爾文的教義，但是加爾文沒有忘記。加爾文借口塞爾維特是再洗禮派的支持者，將他處以極刑，盡管當(dāng)時輿論嘩然，但加爾文毫不手軟，干凈利索地處理了塞爾維特，出了胸中一口惡氣。加爾文教的走紅在于它符合了當(dāng)時新興資產(chǎn)階級的發(fā)展，更在于加爾文對新教的信心和貢獻。加爾文的名字和“加爾文教”永遠地聯(lián)系在一起。